Zastanowiłem się nad tym głęboko i wyszło mi, że warstwa jest elementem 2.5D - jedyna jej funkcja to wskazywać co jest nad/pod czym. Analogiczny jest znacznik “levels” w S3DB, który jest prawidłowo renderowany tylko wtedy, gdy podamy wysokość w metrach, a bez tego wyświetla się domyślnie (co raz wychodzi lepiej, a raz gorzej). Moim zdaniem więc o ile rzeczywiście masz rację, że nie wiadomo jak należałoby interpretować budynek i drogę na tej samej warstwie, to nadanie warstw “1” dla wiaduktu i “2” dla drogi na wiadukcie (“0” dla dróg pod wiaduktem) nie pozostawia według mnie żadnych wątpliwości. Tak samo jak “0” dla drogi i “1” dla budynku.
Brak podania wysokości warstwy ma nawet dodatkowy sens w przypadku naszego wiaduktu, bo to mówi tyle, że wysokość tej warstwy nie jest stała i zależy od wysokości budynku i kształtu dachu. W przypadku budynku na drodze również znaczy to tylko tyle, że renderujemy budynek na drodze, a nie odwrotnie. Dopiero dodanie parametru budynku (“min_level”) spowoduje, że będzie wisieć w powietrzu - domyślna odległość między warstwami wynosi zero i to uproszczenie jest OK, ponieważ bardziej widać brak renderowania tunelu w budynku niż błąd kilku centymetrów wyniesienia drogi.
A ponieważ twierdzisz, że często droga przechodzi pod budynkiem, to można przyjąć, że jeśli budynek i droga są na tej samej warstwie, to domyślnie droga jest pod budynkiem. W ten sposób najczęściej będzie się renderować sensownie - podobnie jak z domyślnymi wysokościami poziomów budynku.
To wszystko by się przydało także np. do renderowania gmachu biblioteki UW (http://www.openstreetmap.org/#map=19/52.24269/21.02521). Na razie mogę walnąć tylko typ dachu płaski i trawiasty, a tam jest cały ogród ze ścieżkami. Jeśli damy budynek z dachem jako poziom “1”, to wszystkie trawniki, drzewa i ścieżki dla pieszych wystarczy oznaczyć jako poziom “2”. Zastanawiam się tylko nad schodami, ale może wystarczyłoby tagować końce warstwami - i wtedy byłoby wiadomo, że prowadzą z poziomu “0” (który oczywiście wiemy, na jakiej wysokości renderujemy) na poziom “2” (który wyliczamy z wysokości dachu, czyli tak naprawdę z sumy wysokości wszystkich niższych warstw). To by było o tyle przydatne, że np. w Złotych Tarasach są schody, które prowadzą bezpośrednio z parteru na 2 piętro, ale oczywiście może być więcej takich miejsc, gdzie schody mogą prowadzić na różne poziomy. A jak chcemy w ogrodzie BUW na dachu dodać szklane kopułki, to z kolei dodamy im poziom “3”, czyli że mają się zaczynać tam, gdzie kończy się dach poziomu “1” i zarazem cały poziom “2” (bo on nie ma podanej wysokości).
Czemu nie? Im więcej dostępnych materiałów, tym lepiej, bo jak wspomniałem “budynki” w S3DB to tak naprawdę tylko klocki i nie wiemy kiedy może się przydać - ot, np. wyniesiony nad powierzchnię gruntu podest asfaltowy. Jak się zbiorę do dodawania definicji, to dodam i to.
Aha, jasne. 
Ale domyślnie dałbym jednak ciemnoszarą, bo tak jest najczęściej. Czy to też po prostu dodać do definicji na wiki?
Jeszcze nie wiem jak skopiować link do obiektu w JOSM-ie, ale ten daszek jest pośrodku tego kadru:
http://www.openstreetmap.org/#map=19/52.22787/21.00146
Skądinąd chyba wszystkie schody tak mi się wyświetlają (patrzyłem tylko w okolicy Centralnego), a te podałem tylko jako przykład.