Какой версии ASTER GDEM?
Я сейчас выкачал все данные третьей версии, нашел способ фильтровать подобные аномалии (правда не знаю, сработает ли в данном конкретном примере, надо проверять). Собираюсь пройти своим фильтрующим скриптом по всей планете. Если результаты будут хорошими - опубликую.
Что касается линий высот (contourlines) в водоёмах - это, можно сказать, “штатная ситуация”, исправляется стилем, водоёмы надо просто поверх линий высот.