Ich habe exakt dieses Problem auch schon vor einiger Zeit in meiner Gegend angemerkt, da ich es als sehr unfreundlich ansehe korrekte Tags zu löschen, nur weil man sie selber für unnötig hält. Sie werden ja nicht alle durch automatische ID Vorschläge da rein gekommen sein.
Ich setze auch selbst keine Wikidata-Tags, daher ignoriere ich sie halt, wenn sie da sind. Gerade für maschinelle Auswertungen bringen sie unter Umständen ja einen Vorteil. Wer diese oder ID nutzt, wird sie bei Bedarf hoffentlich auch anpassen.