Dane Natura 2000 i CDDA są do pobrania tutaj:
http://www.eea.europa.eu/data-and-maps/data/natura-5
http://www.eea.europa.eu/data-and-maps/data/nationally-designated-areas-national-cdda-8
Sugeruję raczej zacząć od CDDA.
Natomiast techniczne szczegóły może zapoda ktoś bardziej obeznany. Ja bym próbował wydzielić interesujące obiekty przy pomocy QGIS a potem zaimportował je do JOSM.