Wenn alle Geofabrik-Extrakte vom gleichen Tag sind, dann kann man die nach meiner Erfahrung problemlos z.B. mit der 64 bit Version von osmconvert zusammenfügen. So erstelle ich seit vielen Jahren meine Karten für Urlaubstouren.
Beispiel für den merge von 2 Dateien:
f:\osm>osmconvert niedersachsen-latest.osm.pbf -o=nds.o5m
f:\osm>osmconvert hessen-latest.osm.pbf -o=hes.o5m
f:\osm>osmconvert nds.o5m hes.o5m -o=merge.osm.pbf
In merge.osm.pbf findet man dann die gewünschten Daten, die *.o5m Dateien kann man wieder löschen.
Tipp: osmconvert kann eine *.pbf mit mehreren *.o5m kombinieren, also kann man sich für die größte pbf Datei das konvertieren sparen:
f:\osm>osmconvert hessen-latest.osm.pbf -o=hes.o5m
f:\osm>osmconvert niedersachsen-latest.osm.pbf hes.o5m -o=merge.osm.pbf
Welche Variante schneller geht, weiss ich nicht. Ergebnis ist aber gleich.